Sulla scia della Lega Nazionale e per volontà di alcuni membri della Deputazione provinciale, fu fondata a Bologna nel 1899 l'Associazione emiliana per la protezione dei fanciulli deficienti. L'obiettivo era non solo aiutare i minori con disabilità fisiche e mentali, ma anche alleggerire i costi dei manicomi che gravavano sulle casse della Provincia.

L'associazione (che si basava anche su un contributo annuo della Provincia di Bologna) assunse il compito di coordinare le attività delle varie Province emiliane, gestire i fondi e supervisionare l'Istituto per frenastenici con sede prima a San Giovanni in Persiceto e poi a Bertalia. Qui i bambini ricevevano cure ed educazione. A Crevalcore, inoltre, fu aperto un laboratorio di Pedagogia scientifica, con diverse officine. Non si sa con certezza quando l'associazione sia stata sciolta, ma si pensa che sia successo intorno al 1905.

La maggior parte dei documenti conservati riguarda la gestione degli istituti di San Giovanni in Persiceto e Bertalia, con resoconti finanziari e sanitari che descrivono le condizioni fisiche e mentali dei bambini e i loro progressi scolastici. L'archivio contiene anche documenti sulla fase di fondazione dell'associazione, inclusi carteggi, materiale informativo e lettere di convocazione. Altri documenti testimoniano i rapporti con associazioni simili nelle altre Province emiliane. Per sostenere le sue attività, l'associazione contava non solo sui fondi provinciali, ma anche sulla beneficenza privata e sulle iniziative di altri enti.