Nel 1592 Papa Clemente VIII stabilì che la responsabilità della custodia dei luoghi di reclusione in ogni città dovesse essere assegnata alla Compagnia religiosa che per tradizione si occupava di esercitare "l'ufficio della carità" verso i detenuti. A Bologna, questo ruolo di assistenza era già da tempo svolto dall'Arciconfraternita della Morte, fondata nel 1336. Per questo motivo, l'Arcivescovo di Corinto e Coadiutore di Bologna, Alfonso Paleotti, affidò ufficialmente a questa Arciconfraternita la Prefettura e la custodia delle carceri cittadine. All'interno dell'Arciconfraternita fu creata una sezione specifica, chiamata Compagnia della carità dei carcerati di Bologna.

Il suo scopo era prendersi cura dei detenuti nelle diverse prigioni (del Torrone, comunali e diocesane), offrendo loro conforto sia materiale che spirituale. Un compito cruciale era anche la remissione dei debiti per coloro che erano stati incarcerati per motivi economici. Gli incaricati dovevano visitare le carceri ogni settimana per controllare il trattamento dei reclusi, raccogliere informazioni utili per il Procuratore, sollecitare lo svolgimento dei processi, fornire sostegno morale ai reclusi e assicurare visite mediche in caso di malattia. Questa Opera pia operava sotto la supervisione e la direzione dell'Arcivescovo di Bologna, e le sue attività erano finanziate anche grazie a generosi lasciti e donazioni da parte di privati cittadini. Nel 1808, l'Opera pia per i carcerati fu inclusa tra le istituzioni assistenziali gestite dalla Congregazione di carità. Non si conoscono purtroppo i dettagli sul suo scioglimento successivo.

L'archivio di questo ente è limitato a una singola busta di documenti che furono ritrovati insieme agli atti della Commissione Amministrativa dell'Ospedale degli Esposti. Il materiale include verbali dei Governatori dell'Opera, informazioni sullo stato patrimoniale e finanziario, inclusi dettagli sui locatari delle carceri del Torrone, e atti relativi ad alcune cause legali, come quella contro i Padri di San Domenico.