Istituito nel 1860, è probabilmente il più importante museo mineralogico d'Italia grazie alle molteplici collezioni storiche e didattiche, ricche di decine di migliaia di esemplari. Comprende raccolte di mineralogia e petrografia sistematica, giacimenti minerari, meteoriti con l'importante condrite carboniosa di Renazzo, pietre ornamentali dell’antica Roma, pietre preziose, ambre insettifere del Simeto e raccolte regionali fra le quali spicca quella del territorio bolognese con la famosa Pietra Fosforica.

La Collezione fa parte del Sistema Museale di Ateneo dell'Alma Mater Studiorum - Università di Bologna.