Il Museo si articola in cinque sezioni: Astronomia, Storia Naturale, Naturalistica, Entomologica, Fisica.
L'Area Astronomica comprende il terzo Planetario italiano per grandezza, l'Osservatorio Astronomico, la stazione metereologica, e ospita una raccolta di meteoriti e fulguriti, una collezione di fossili e minerali dell'Appennino bolognese e una importante raccolta di reperti dal sito di Tunguska. L'Orto Botanico "Ulisse Aldrovandi" ospita circa 300 specie della flora spontanea arborea e arbustiva della regione. L'Area di Riequilibrio Ecologica ''La Bora'', 22 ettari destinati a garantire sopravvivenza, tutela e studio delle specie floro-faunistiche autoctone, ospita il centro per il recupero e la riproduzione di anfibi e rettili autoctoni. Il Laboratorio dell'Insetto è un vero museo vivente dedicato all'osservazione diretta della vita e del comportamento degli insetti. Il Laboratorio di Storia e Didattica della Fisica "Tecnoscienza" propone, accanto all'esposizione di strumenti scientifici ed esperimenti della fisica classica, mostre temporanee tematiche, convegni e attività didattiche.
La rete Terred'Acqua comprende anche le aree naturalistiche Cassa d'espansione dello Scolo Dosolo con l'Ecomuseo delle Acque a Sala Bolognese, Vasche ex Zuccherificio a Crevalcore, Golena di San Vitale a Calderara di Reno, Bosco della Partecipanza a Sant'Agata Bolognese e le Vasche di Tivoli.
Apertura
Osservatorio Astronomico: martedì e venerdì ore 21-23. Planetario: venerdì, conferenza alle ore 21, a seguire proiezione del cielo stellato e visita all'area espositiva. Domenica (da settembre a maggio) attività per bambini alle ore 15.30, proiezione del cielo stellato e visita all'area espositiva.
Orto Botanico: accesso libero tutti i giorni nelle ore diurne. ARE "Bora": accesso libero tutti i giorni nelle ore diurne.
Laboratorio dell'Insetto: le domeniche di apertura alle ore 15.30.
Tecnoscienza: su appuntamento.
Attività ludo-didattiche per famiglie e bambini tutte le domeniche nelle sedi del Planetario e del Laboratorio dell'Insetto-Bora; per informazioni consultare il sito del museo
Biglietto
Osservatorio, Orto Botanico e Area di Riequilibrio Ecologico: ingresso gratuito.
Planetario, Laboratorio dell'Insetto, Tecnoscienza: intero € 4,50, ridotto € 3 (nel caso di famiglie paga un solo bambino)
Attività: conferenze, convegni, corsi, attività e laboratori didattici per le scuole e famiglie, visite guidate
Servizi: sala conferenze, consultazione delle collezioni
Accessibilità disabili: abbattimento delle barriere architettoniche