Il Museo per la Memoria di Ustica è stato inaugurato il 27 giugno 2007, in occasione del ventisettesimo anniversario della strage, all'interno dell'affascinante struttura di archeologia industriale dell'ex deposito ATC di via Saliceto. Il Museo è stato realizzato grazie a un Protocollo d'Intesa stipulato nel maggio 2001, su sollecitazione dell'Associazione Parenti delle Vittime della strage di Ustica, tra Ministero per i Beni e le Attività culturali, Ministero della Giustizia, Regione Emilia-Romagna, Provincia di Bologna, Comune di Bologna. L'accordo ha previsto per la Provincia, oltre al sostegno economico alla realizzazione della struttura, la partecipazione al Comitato tecnico scientifico del nuovo Museo.

I resti del DC9 Itavia che nel 1980 precipitò in mare durante il volo Bologna-Palermo, causando la morte di ottantuno passeggeri, sono stati recuperati, trasportati e riassemblati negli ampi spazi degli ex magazzini ATC, e "immersi" in un'installazione permanente di Christian Boltanski. Boltanski ricorda le ottantuno vittime della strage attraverso altrettante luci che dal soffitto del Museo si accendono e si spengono al ritmo di un respiro. Ottantuno specchi neri circondano il velivolo ricostruito, riflettendo l'immagine di chi percorre il ballatoio, mentre dietro ad ognuno di essi ottantuno altoparlanti emettono frasi sussurrate a sottolineare la casualità e l'ineluttabilità della tragedia. Intorno ai resti del DC9 sono state poi disposte alcune grandi casse coperte da drappi neri che contengono le decine di oggetti personali appartenuti alle vittime. Una proiezione video raccoglie filmati e testimonianze riportate da agenzie giornalistiche e telegiornali a partire dal momento della tragedia sino ad arrivare alla costruzione del museo. Alcune postazioni informatiche permettono inoltre ai visitatori di approfondire, attraverso la visione di documentazioni audio-video, la conoscenza di uno dei grandi misteri della nostra cronaca.