Il Meb - Museo Ebraico di Bologna, inaugurato il 9 maggio 1999, è stato realizzato su impulso del Jewish Culture Program, Comitato organizzatore costituito da Istituto Beni Culturali della Regione Emilia-Romagna, Provincia di Bologna, Comune di Bologna e Comunità Ebraica di Bologna. Accanto alla realizzazione in Bologna di un museo permanente della cultura ebraica in Emilia Romagna, scopo del Comitato era quello di promuovere iniziative di studio e progettazione finalizzate alla conoscenza, valorizzazione, tutela e valorizzazione del patrimonio culturale ebraico sedimentatosi a Bologna e in regione fin da epoca romana e, con particolare rilevanza, dal XIII al XVI secolo. Alla decisione di istituire il museo si giunse a seguito delle iniziative di ricerca e catalogazione dei patrimoni artistici documentari e bibliotecari condotte dall'IBC a partire dal 1984 e confluite nella mostra “Meraviglie dal Ghetto. Arte e Cultura Ebraiche in Emilia Romagna” (Ferrara e San Francisco, 1988-1989). Da quella data gli enti promossero iniziative di studio e progettazione finalizzate alla valorizzazione, conoscenza, tutela e fruizione del patrimonio culturale ebraico e all’individuazione di percorsi o itinerari turistico-culturali capaci di restituire le informazioni essenziali sulla presenza ebraica in Emilia-Romagna e delle sue connessioni con lo sviluppo dell’identità culturale italiana ed europea. In particolare nel corso del convegno "Musei Ebraici in Europa. Orientamenti e prospettive. Jewish Museums in Europe. Trends and Perspectives"  (Bologna, 21-22 maggio 1996) vennero presentati il progetto culturale e il patrimonio del futuro museo, nonchè il progetto di recupero architettonico della sede di via Valdonica nell'ex ghetto ebraico, all'interno nel palazzo già sede del Collegio Pannolini.  

A seguito dell’inaugurazione del Museo, scioltosi il comitato “Jewish Culture Program” , venne costituita la Fondazione Museo Ebraico di Bologna con il fine di garantire la migliore gestione e valorizzazione del Museo e, più in generale, la tutela e la valorizzazione del patrimonio culturale ebraico in Emilia-Romagna quale parte integrante dell’identità culturale nazionale ed europea nonché favorire l’approfondimento, la conoscenza e la fruizione del patrimonio culturale ebraico promuovendo e sviluppando, anche indirettamente, iniziative di ricerca e promozione culturale con istituti ed enti aventi scopi analoghi. La Provincia ha garantito da quel momento il sostegno esterno all’attività del Museo tramite convenzione (l'ultima è stata firmata nel 2008) , nonché con alcuni finanziamenti nell’ambito del Piano ex L.R.18/2000; all’interno della Guida ai Musei della provincia una scheda è riservata al Museo, che inoltre partecipa alle attività di valorizzazione del Sistema Museale provinciale

Il museo rappresenta il perno di un vero e proprio sistema museale ebraico regionale, che ha nella sede bolognese la sua base culturale e informativa e nelle realtà esterne l'orditura attraverso la quale si compone l'insieme delle testimonianze della tradizione ebraica regionale. Unica realtà pubblica in Italia nel suo campo, il Meb propone un innovativo percorso storico-didattico sulla storia del popolo ebraico dalle origini ad oggi e sulla  sua presenza a Bologna e in Emilia-Romagna. La sezione dedicata all'antico insediamento ebraico a Bologna si integra così con un percorso esterno ai luoghi ebraici della città - antico ghetto, Palazzo Bocchi, Casa Sforno, lapidi cimiteriali, tracce delle antiche sinagoghe. Quella sulla presenza ebraica in Emilia-Romagna illustra le diverse realtà territoriali, le loro emergenze storiche, architettoniche e documentarie: in direzione est Cento, Lugo e Ferrara con il suo Museo Ebraico, le tre sinagoghe, il cimitero e l'antico ghetto; verso ovest Modena e la sinagoga monumentale dell'emancipazione, Carpi con il Museo del deportato e il campo di Fossoli, Reggio Emilia con l'antica sinagoga del XVIII secolo, l'ex ghetto e il cimitero, Parma con la sinagoga ottocentesca e Soragna con il piccolo ma emblematico Museo Ebraico ''Fausto Levi'' e l'annessa sinagoga neoclassica.