Il decreto di Carlo Farini del 10 marzo 1860 istituì il Corpo amministrativo centrale degli ospedali di Bologna, a cui fu affidata la gestione dell'Ospizio degli esposti e dell'Asilo di maternità. Questo ente si occupò dell'amministrazione dell’Ospizio Esposti fino al 1939 (anno in cui l'Ospizio passò sotto la giurisdizione della Provincia, che ne cambiò la denominazione in Istituto Provinciale Infanzia e Maternità).

L'archivio del Corpo (ereditato dalla Provincia nel 1940) è in realtà soltanto uno spezzone del più ampio archivio prodotto dall’Ente negli anni di attività, spezzone che riguarda il fenomeno dell’abbandono infantile e della maternità illegittima: oltre ai regolamenti interni, si conservano documenti sulla vita e il mantenimento dei bambini abbandonati e delle donne incinte, dichiarazioni di maternità, atti di ammissione e dimissione. Sono presenti statistiche e studi su questi fenomeni, oltre a informazioni su casi particolari come bambini legittimi lasciati in Ospizio come illegittimi o donne sposate ammesse nella Maternità. Un problema ricorrente e costoso per l'istituzione fu la diffusione tra le balie della sifilide contratta alla nascita dai bambini assistiti. L'archivio conserva diversi fascicoli relativi a queste balie, con denunce, relazioni mediche e sentenze, che testimoniano le perdite economiche subite dall'ospedale